Os prebióticos e os probióticos são diferentes, porém tem benefícios em comum. Ambos melhoram a flora intestinal, a absorção de vitaminas e o sistema imunológico.
Os prebióticos são fibras solúveis que estimulam a flora intestinal.Elas 
aumentam o volume do bolo fecal auxiliando na constipação e diminuem a absorção de colesterol e glicose pelo intestino. Um exemplo de prebióticos são os frutoligossacarídeos (FOS) que são constituídos por uma molécula de sacarose e algumas de frutose. Eles podem proteger o intestino contra o câncer, ajudam a controlar a glicemia e a recuperar o intestino depois de diarréia inclusive a diminuir a sua incidência (dependendo da causa). Os FOS estão presentes em alimentos de origem vegetal, como cebola, alho, tomate, banana, cevada, aveia e trigo.
Os probióticos são bactérias benéficas que melhoram o balanço microbiano 
intestinal, previnem e tratam doenças. Eles também aumentam os níveis de vitamina B e aminoácidos e aumentam a absorção de cálcio e ferro. Podem ser encontrados nos leites fermentados e iogurte. Para se obter os efeitos positivos dos probióticos, a ingestão dos alimentos fontes deve ser diária. Os probióticos normalmente têm pouco tempo de duração e, por isso mesmo, devem ser mantidos bem refrigerados.
Fontes:
http://www.rgnutri.com.br/sqv/saude/pdm.php
http://www.dicasdenutricao.com/2010/08/fos-veja-os-beneficios.html